陣發性睡眠性血紅蛋白尿的鑑別診斷如下：

1、PNH涉及到造血幹細胞基因異常的問題，可以引起全血細胞減少，所以需要與再生障礙性貧血等可以引起全血細胞減少的疾病相鑑別；

2、PNH患者由於反覆溶血，從尿中丟失大量的鐵，可以引起缺鐵性貧血，所以要與缺鐵性貧血相鑑別；

3、PNH要與其他可以引起溶血的疾病，包括自身免疫性溶血性貧血鑑別；

4、營養性巨幼細胞性貧血可以引起全血細胞減少，所以要做相關的檢查，與PNH進行鑑別診斷；

5、骨髓增生異常綜合徵也會引起全血細胞減少，因此以上的疾病都需要做相關的檢查，與PNH相鑑別。