新生兒呼吸窘迫綜合徵的患兒於生後不久，也就是生後4-12小時開始出現進行性呼吸困難、呼吸急促，每分鐘呼吸達到60次/分以上，還可以伴有呻吟、面色、口唇的發紺、吸氣性三凹徵，嚴重的可以出現呼吸不規則、呼吸暫停、呼吸衰竭。在生後24-48小時是病情最重的時候，病死率比較高。

經過肺表面活性物質的替代治療，無創呼吸支持治療和機械通氣以及良好的營養支持治療後，相當一部分患兒可以存活。新生兒呼吸窘迫綜合徵具有自限性，能夠生存3天以上的患者，肺成熟度增加，可以逐漸恢復。但是較多嬰兒在病程中可併發肺部感染，或者出現動脈導管未閉，出現持續肺動脈高壓，這種情況可以使病情再度加重，因此需注意併發症的治療。