複方消化酶膠囊含有多種消化酶，是用來治療消化不良的藥物。複方消化酶膠囊可能含有胃蛋白酶、脂肪酶、澱粉酶，可能還含有促進膽汁分泌的成分，促進膽汁分泌可以更好地消化脂肪類食物。所以如果患者出現腹部飽脹或者食慾不振、脂肪瀉，或者存在明確的肝、膽、胰腺疾病，導致消化液分泌不良，可使用複方消化酶膠囊進行治療。

慢性胰腺炎會導致比較典型的消化酶缺失狀態，如果因慢性胰腺炎導致消化酶分泌不足，此時可應用複方消化酶膠囊，特別是選用脂肪酶含量比較高的藥物治療。