小兒原發性輸尿管膀胱反流隨著年齡的增長，部分可以自愈，而且自愈病例的報道越來越多。無菌尿反流不會造成腎損害，只有感染會造成腎臟損害。

原發性輸尿管反流可以採用長期抗生素保護腎臟、預防感染的措施。但並不是所有輸尿管反流都僅是保守治療，部分需要進行手術治療，適應證主要包括Ⅴ度輸尿管反流，合併輸尿管異位開口的輸尿管反流，膀胱憩室的輸尿管開口或有輸尿管憩室的系列病變疾病，都需要進行抗反流手術。