隱睪手術並非較大手術，只要在正規醫院進行，風險均可控。主要風險為睪丸回縮、睪丸萎縮及陰囊血腫。隱睪由於睪丸在下降過程中，通過外在或內在各種因素，導致睪丸停留在此條通道，有可能停留在位置較高的腹腔，亦有可能在位置較低的腹股溝或陰囊。

鬆動睪丸精索血管後下降至陰囊中，但固定後睪丸仍有向上回縮的風險。睪丸萎縮風險較大程度取決於睪丸自身情況，睪丸在體內時間較長或出生後發育停滯，故逐漸出現萎縮。即便完成隱睪手術，繼續發育可能性較小，仍會出現睪丸萎縮情況。

術後還可能有陰囊水腫及陰囊血腫，但發生此種情況概率較低，且即便發生陰囊水腫，一段時間後水腫也會消掉。在正規醫院進行隱睪手術，風險均可控，但對於超過青春期男生進行隱睪手術，由於隱睪存在惡變風險，故應先進行睪丸活檢，再行睪丸下降固定。