隱睪最大的影響就是可能會影響生育能力，導致生育能力下降或不育。特別是腹腔型高位隱睪，由於腹腔溫度比陰囊溫度高1.5℃-2.5℃，睪丸長期停留在腹腔內，可因溫度過高導致生精功能下降，出現生育能力下降。雙側隱睪患者可導致不育，同時隱睪可出現惡變，癌變。隱睪惡變幾率較正常陰囊內睪丸高，隱睪位置越高，發生惡變的幾率越高。

隱睪對於患兒的精神和心理影響較大，陰囊空虛或睪丸位置異常可使患兒產生自卑心理。年齡越大，對心理影響越大，可以引起精神擔憂和痛苦。隱睪還會合並扭轉或損傷，隱睪合併扭轉或損傷時不易早期發現，容易誤診、漏診，導致延誤治療，造成嚴重後果。因此，臨床懷疑隱睪的患兒，一般建議6個月以後及時就診，因為手術最佳年齡為6個月-1週歲。