隱睪手術後睪丸大小不一可能會影響生育，由於隱睪發育比正常睪丸較差，在術前超聲可觀察到隱睪體積比正常睪丸較小。在術中也經常會發現隱睪精索血管均較纖細，體積小且質地比較軟。睪丸由於生長發育過程中受到其它因素或體內溫度較高等影響，未能較好生長發育，而生育與睪丸密切相關。

如果一側睪丸發育較差，可能會影響生育。部分患兒會出現睪丸在術後無法如期正常發育的情況，由於各種各樣的原因發生萎縮，有單側睪丸萎縮對生育也會產生影響。由於睪丸有內分泌功能及生精功能，若一側睪丸出現不良狀況，對生育會產生一定影響。