三房心的治療方法一般僅有手術治療，通過手術將異常增長的隔膜切除，但手術可能伴有併發症，比如心房破裂、二尖瓣損傷、肺靜脈開口損傷或狹窄，根據副房和真房的交通口，伴有房間隔損傷大小的不同，症狀嚴重程度及選擇手術時間不同：

1、交通口較大且伴有房間隔缺損的患者：症狀不嚴重，一般是發現後治療；

2、交通口較小且伴有房間隔缺損較小的患者：一般較早出現症狀，需早期手術，否則難以存活。