因為心臟射頻消融術一般需靜脈穿刺，但血管併發症較少見。如需進行左側旁道射頻消融治療，需穿刺股動脈，血管併發症可能引起穿刺血腫形成。如出現血腫，一般採取壓迫止血治療。

如果血腫不斷增大，可能需行心臟彩超檢查，明確血腫大小，判斷是否存在與其它血管相通現象，以便進一步治療。此外，心臟射頻消融術操作過程中可能誤傷希氏束，引起二度或三度房室傳導阻滯或導致心臟穿孔，引起心臟壓塞等現象。