嚴格說，起搏器治療不是肥厚型心肌病的一線治療，當然也有患者需要起搏器治療，即肥厚型心肌病出現惡性心律失常，特別是室性心律失常的時候，為了預防肥厚型心肌病的猝死，可以考慮起搏器治療。但起搏器一般是指除顫器，也就是ICD，普通起搏器幫助心臟起搏主要適合於三度房室傳導阻滯、病態竇房結綜合徵。肥厚型心肌病適應症可能偏小些，肥厚型心肌病是家族基因遺傳性心肌病，是指患者家族中基因有問題，危及生命的情況主要是心肌肥厚、心腔變小，導致心肌泵血，特別是當心肌肥厚梗阻的時候心機泵血出現障礙、梗阻，危及生命。需要減小心肌收縮力、減慢心率、減少梗阻，預防患者出現急性流出道梗阻的危及生命的併發症。惡性心律失常是導致死亡的病因，起搏器ICD治療是預防最重要的方法之一。