食管癌手術後的複查包括胸部CT、B超、腫瘤標誌物，通常建議一年至少做一次食管內鏡複查，以觀察吻合口的情況，其它的消化道段有沒有出現第二原發的情況。

食管癌的複查建議規律進行，因食管癌能做黏膜下切除的早期病人非常少，所以要規範複查。因出現小病灶處理會比較的簡單、比較方便，但若出現第二次的大病灶，只能通過姑息性的手段做處理，且相對效果差。故早期發現異常變化，處理手段會更多，也更有效。