食管癌化療的副作用與絕大多數消化道腫瘤化療的副作用相似，比如噁心、嘔吐、食慾不振。有的患者使用化療藥物以後會有脫髮、骨髓抑制，比如查白細胞、血小板、血紅蛋白會降低。

如果食道癌對於所選用的化療方案非常敏感，本身又是潰瘍型的食道癌，一定要警惕化療以後潰瘍大出血，甚至有穿孔的風險，建議患者儘早到醫院就診。早期食道癌在腫瘤退縮不敏感的情況下或者是化療初期，症狀可能呈現一過性加重，比如患者無法進食或飲水，這時一定要對患者做好心理疏導、溝通，告知患者症狀在化療數天以後會緩解。