慢性結腸炎通常是多種原因引起的腸道炎症性改變，包括特異性慢性結腸炎和非特異性慢性結腸炎，預後有所不同。慢性結腸炎治療時間根據疾病種類不同而不同，具體如下：

1、細菌引起的慢性結腸炎，抗菌治療效果較好，配合中藥治療，多可在1-2周達到控制效果。但也取決於程度不同，比如細菌性結腸炎由金黃色葡萄球菌或者綠膿桿菌等比較頑固細菌引起，無論中藥或者西藥治療都相對比較困難；

2、結核性慢性結腸炎，抗癆治療效果非常好，通常需要治療6-12個月，配合中藥療效更好；

3、病毒性慢性結腸炎，通過中藥治療效果非常好，通常一年左右症狀能夠完全緩解；

4、特異性結腸炎，包括阿米巴腸炎，有一定特效治療手段，比如常用甲硝唑治療，通常2-4周左右症狀消失；

5、非特異性慢性結腸炎，主要有潰瘍性結腸炎和克羅恩病，潰瘍性結腸炎屬於自身免疫相關慢性結腸炎，症狀有腹痛、腹瀉、黏液膿血便等。治療療效雖好，但容易復發。所以，在國外以前主張吃藥維持治療3-5年。最新指南提出終身服藥，中藥配合治療也能達到很好效果。所以，在急性期誘導緩解，而在慢性期可採用中藥，儘量長時間使用中成藥維持緩解。