纖維支氣管鏡主要是針對氣道的疾病，包括氣管、支氣管、段支氣管以及細支氣管的病變，也包括支氣管內的病變、支氣管外的病變。部分患者可以做活檢，還可以取痰標本，進行支氣管肺泡灌洗。
肺穿刺是在CT引導下經皮到達病變的肺組織，給予穿刺活檢。上述兩種操作分別針對氣道的病變和肺實質的病變，可以互相補充彼此的不足。肺穿刺主要針對外周性的肺部病變，包括腫瘤和部分小結節，還有瀰漫性肺部疾病，肺穿刺主要是對上述病變進行診斷。