纖支鏡可以檢查的疾病包括支氣管肺癌，也稱為中央型肺癌，包括氣管的腫瘤、支氣管的腫瘤、支氣管內膜結核、支氣管的異物，還有不明原因引起的咳嗽、咯血、下呼吸道感染，下呼吸道感染患者取痰標本有利於提取肺部感染的細菌學證據。

還有部分瀰漫性肺部疾病的檢查，主要是肺泡蛋白質沉積症、肺泡細胞癌，支氣管肺泡灌洗後給予明確診斷。在重症監護時，給予患者纖支鏡下吸痰，收集痰液標本，上述情況下使用纖支鏡效果較好。