判斷是否患結腸炎，主要根據臨床表現。對於結腸炎患者，最常見的臨床表現是腹痛、腹瀉、排便次數增多，更嚴重的患者可能出現黏液膿血便、發熱、貧血等症狀。若患者出現此類症狀，反覆而不能痊癒3個月以上，應懷疑患潰瘍性結腸炎即結腸炎。對於懷疑患有結腸炎的患者，建議儘早進行結腸鏡檢查，結腸鏡檢查是檢查結腸炎最常用、最有用的手段。

在進行腸道準備後，經肛門進鏡，可以觀察直腸、乙狀結腸、升結腸、盲腸和迴腸末端等部位。如果發現炎症性病變，應取活組織進行病理學檢查，從而鑑別其他疾病，如腸結核、克羅恩病、缺血性腸炎、真菌性腸炎等，此類疾病有時鑑別比較困難。但在結腸鏡檢查後，根據病理學檢測結果，基本可以得到確診。