肺鱗癌靶向治療藥物副反應與化療相比較小。但靶向藥物也存在不良反應，如EGFR-TKI類藥物，主要不良反應為皮疹、腹瀉，部分患者可出現肝功能損害。但大部分肺鱗癌不適合靶向治療，肺腺癌患者較為適用，如EGFR突變可用EGFR-TKI治療。

肺鱗癌極少數患者存在EGFR突變，此類患者除化療、手術、放療外可考慮靶向治療，但肺鱗癌靶向治療較少。肺鱗癌晚期患者，化療及免疫治療效果較差，可嘗試第二代EGFR-TKI，如阿法替尼治療。