腸炎、結腸炎的治療要根據患者的病情，給予個體化、綜合化的治療。一般來說應該儘早的控制患者疾病的症狀，促進疾病的緩解，維持治療，防止復發，防治併發症和掌握合適的手術治療時機。一般患者要注意休息、防止過勞、進食高營養、易消化的飲食，並且要低脂低渣。重症患者或者伴有巨結腸、腸瘻等併發症的患者，要給予全腸外營養。

藥物治療主要是使用氨基水楊酸類藥物，比如柳氮磺吡啶、美沙拉嗪、奧沙拉嗪等，但是要在醫生的囑託下使用。另外，患者可以使用糖皮質激素治療，常用的藥物有強的松、強的松龍，這些都是為抑制潰瘍性結腸炎急性活動期炎症的有效藥物。如果患者出現大出血、穿孔或者即將穿孔的，要及時的予以手術處理。