胸腔鏡取活檢時需要先在胸壁上打一個小孔，刀口長度根據情況決定，1-3cm不等，進入胸腔後，有胸腔鏡光源照射，器械操作輔助切除，或者活檢切取組織，取出後，儘快送醫院病理科，進一步化驗評估，再決定下一步的治療方案。

胸腔鏡活檢是明確病理的一種方式，大多數來自胸膜疾病，或者靠近肺外周的小病變，可應用於病因不明的胸腔積液輔助診斷、肺外周小結節確診及切除，以及靠近心臟的縱隔淋巴結腫大的診斷。以前靠近心臟的腫大淋巴結沒有特別好的辦法去取病理，故胸腔鏡活檢帶來了新的診斷方法。