出血性腸炎的治療主要有兩種，非手術治療，其中包括一般治療，要注意休息、禁食。腹痛、便血和發熱期應完全臥床休息和禁食，直至嘔吐停止，便血減少，腹痛減輕時方可進食流質飲食，以後逐漸加量。禁食期間應靜脈補充高營養液，如10%的葡萄糖、複方氨基酸和水解蛋白等。過早攝食可能導致疾病的復發，但過遲恢復進食又可能影響營養狀況，延遲康復。腹脹和嘔吐嚴重者可做胃腸減壓，腹痛可給予解痙藥物。

另外，要注意糾正水電解質的紊亂。本病失水、失鈉和失鉀者較多見，可根據病情，酌情給予輸液總量和成分輸液。

另外，要抗休克，迅速補充有效的血容量，除補充晶體溶液外，應適當輸血漿、新鮮全血和人體血清白蛋白等膠體，血壓不升者，可配合血管活性藥物治療。

另外，要聯合抗生素，控制腸道內的感染，可減輕臨床症狀，常用的抗生素有氨基苄青黴素、氯黴素、慶大黴素、卡那黴素。

另外，還要應用腎上腺皮質激素，可減輕中毒症狀，抑制過敏反應，對糾正休克也有幫助，但有加重腸出血和觸發腸穿孔的危險。

最後，對疼痛的對症治療。高熱煩躁者可予吸氧、解熱藥、鎮靜藥，予以物理降溫。如內科治療無效，可以選擇手術治療。