大部分結腸炎都能治癒，根據發病情況可以分為急性和慢性結腸炎。急性結腸炎多為細菌性和缺血性，給予抗感染、修復黏膜、補液、改善循環等治療後很快可以治癒。慢性結腸炎多為潰瘍性結腸炎，需要長期服藥，大多數都能維持臨床緩解。少數患者反覆發作，採用激素、生物製劑誘導緩解後可以長期服藥，維持臨床緩解。出現嚴重併發症例如中毒性巨結腸、大出血、穿孔、癌變需要手術治療，不及時給予有效治療可能危及患者生命。

部分患者長期腹瀉或便秘、腹痛症狀反覆，但腸鏡檢查無明顯異常，其它檢查力例如腹部CT、血糖、甲狀腺功能等檢查均正常屬於腸易激綜合徵，不能診斷為慢性結腸炎。可以採用調節腸道動力、調節腸道菌群、改善焦慮情緒等對症治療。