針對不同類型結腸炎，治療方式不一樣。對於感染性結腸炎，要用抗生素，細菌感染可能要用頭孢類、喹諾酮類或大環內酯類抗生素；對於病毒感染，通常此病有一定自限性，患者積極做好對症處理即可；寄生蟲感染所致要用抗寄生蟲藥物。

如果是因為免疫因素引起的結腸炎，通常要用抗免疫藥物，如水楊酸類藥物、美沙拉嗪、柳氮磺胺吡啶，嚴重時可能還要用激素治療及靶向藥物。對於藥物引起的結腸炎，通常不需要用特殊藥物進行治療，只要停用引起腸炎的藥物即可。患者症狀嚴重時用對症藥物，如蒙脫石散以止瀉，並補充水分即可。

常見的感染性結腸炎可見於細菌、病毒、寄生蟲感染等，還可因免疫因素造成，如潰瘍性結腸炎、克羅恩病等。若經常吃抗生素、抗炎藥或抗病毒藥物，會對於結腸黏膜造成刺激，引起藥物性結腸炎。