一旦患有腦靜脈竇血栓，應明確診斷。患者應到專科醫院進行腦靜脈成像檢查或DSA、MRV、CTV成像。靜脈竇血栓輕症患者容易發生自溶，自溶以後即可自愈。

而對於嚴重患者，試圖消除血栓，需要抗凝治療，主要選擇應用肝素、低分子肝素等抗凝藥物。若經過積極治療後效果欠佳，還可使用介入方法將微導管送入靜脈竇，給予溶栓藥或直接取栓。通過這些辦法可使得靜脈竇重新恢復通暢，患者的症狀即可消失。