腦靜脈竇血栓有輕重之分，輕症者沒有任何後遺症，而對於重症的患者，特別是急性期上矢狀竇血栓合併靜脈性腦梗死和出血時，則會破壞腦組織，導致肢體癱瘓。除治療原發靜脈竇血栓以外，還應該針對癱瘓進行康復治療。部分患者可能合併癲癇，而在急性期過後還要繼續服用抗癲癇藥物治療。

腦靜脈竇血栓目前死亡率不足5%，絕大多數患者預後較好，只有部分患者會存在合併症需要進行處理。