絕大多數情況下輸注抗生素，並不會徹底治癒肛周膿腫，肛周膿腫的疾病來源，通常來自於肛門中的肛門腺感染後，向周圍擴散，從而形成肛周膿腫的表現。同時由於擴散方向不同，會形成不同類型的肛周膿腫，而通過輸注抗生素很難到膿腫位置。另外主要是原發灶，因此無論是輸入抗生素，還是口服抗生素，對肛周膿腫的治療，或對整體效果均比較有限。

通常情況下，對於淺表的肛周膿腫，可能只要切開引流即可，不需要應用抗生素，而對於嚴重或範圍較大的膿腫，則應該應用抗生素，但前提依舊是要切開引流。對於某些特殊類型的疾病，比如糖尿病患者，尤其是血糖控制不好，或有心臟瓣膜置入手術的患者，無論是術前還是術後，均需要應用抗生素。