肛周膿腫一旦形成，建議及時行手術治療，不要抱有僥倖心理，覺得可以自行恢復，這種概率是很小的，即使當時用藥控制住了，後期還會形成肛瘻，還要進行手術治療。如果沒有條件進行手術，可進行保守治療，可以應用抗生素控制肛周膿液的擴散，起到消腫作用，口服消炎藥或輸液均可。此外，也可局部用藥，如可以用中藥坐浴，可以用拔毒軟膏，如金黃膏、魚石脂軟膏等，使用消炎栓塞肛門也可以幫助消腫。如果腫得很厲害，伴有發燒，可以切口將膿液引流出來，起到消腫止疼的作用。但是，以上措施都只是暫時的，有可能以後會形成肛瘻，還需再行手術治療。

因此，一旦肛周膿腫形成，則建議進行根治術。保守治療可消腫，但不代表腫消後病情就能好轉，大多數會形成肛瘻，形成肛瘻後還要再進行肛瘻手術。