肛周膿腫和肛瘻是同一疾病的兩個階段，肛周膿腫是急性發作期，膿腔中有許多膿液，都是從肛竇感染而來。如果膿腫破潰後流膿，經過2-3個月後，膿腔縮窄變成管道，這時才是肛瘻。肛瘻是由肛門中一個內口和外邊破潰的外口，還有肛周潛行的瘻管組成。肛瘻與肛周膿腫都是肛竇感染疾病，但是一個疾病的不同階段，因此並不完全相同。

肛周膿腫是急性期，而且膿沒有排出來，因此擴張的可能更大，會侵犯周圍正常組織，發病急，進展快，而且破壞性較大。到肛瘻階段，膿已經排出，已經形成管道，由肛門內排到肛門外管道，這時急性期已經過去，屬於慢性期，膿液能夠及時排出，但是，如果外口封閉，膿液可能向其它正常組織擴散，也非常危險。因此，肛周膿腫和肛瘻都需要及時手術治療。