肛周膿腫是肛腸的感染性疾病，在進行診斷和治療時，需明確肛周膿腫是否是表淺軟組織感染，如果是毛囊炎或皮脂腺囊腫感染導致肛周膿腫，治療相對簡單。如果膿腫已明確形成，應及時切開引流，並放置引流條、引流片等將膿腫分泌物及時排空，並配合應用全身抗生素，膿腫或肛周感染大多能很快控制。

有時肛周膿腫由肛瘻等特殊肛周感染性疾病造成，主要特點是在肛門口有一個外口，在直腸或肛管附近還可有一個內口，在兩個管道口間會形成一個竇道，在竇道形成過程中，肛瘻會使肛周膿腫不易癒合，長期有膿性分泌物。對於此類肛周膿腫需進行切開引流，但如果是反覆的肛周膿腫應警惕是肛瘻的可能。可將肛瘻徹底切開，使新生肉芽組織由內向外生成，才可治癒肛瘻，肛周膿腫也會隨之消失。