肛周膿腫治療通常需要2-4周，但對生活、工作造成影響的時間只有2周。肛周膿腫屬於常見疾病，主要發生於男性，而該病並不存在治療週期的問題。一般不做手術後有的患者肛周膿腫潰破後形成肛瘻，而很多肛瘻可能無法癒合，往往需要手術治療。

雖然肛周膿腫可以通過手術治療將膿放出，從而進行根治，但只限於病變比較淺的患者；如果病灶相對較深，則並不主張進行根治。此時由於膿腔本身比較大，根治時無形中會導致損傷範圍較大。所以主張先將膿放出的2-3天后再進行根治手術。

另外，如果進行麻醉處理，患者需要住院2-3天；如果膿腫位置比較深，或者位置比較高，可能需要在2周左右再進行一次麻醉處理，從而去除縫線。