肛周膿腫起病急，3-5天可以化膿，患者表現為肛門旁出現紅、腫、熱、痛，這種情況即可確診為肛周膿腫。通過視診、指診、觸診，以及體格檢查、影像學檢查，判斷為單純的膿腫、多發膿腫、深部膿腫，還是淺表膿腫。如果觸診、視診可看到膿腫，膿腫均較表淺。如果肛門外沒有明顯的症狀，患者感覺肛門墜、脹、疼痛難忍，出現高燒，則考慮為深部膿腫，可配合以下診斷方式再進一步協助診治：

1、通過肛門指診，有時可以指診到深部搏動感；

2、常規直腸三維彩超，可以精準判斷膿腫的高位、低位、中位，還是多發診斷；

3、經過核磁確認膿腫發病部位，處於經括約肌、括約肌間、括約肌外，還是間隙膿腫。

綜合以上幾個診斷方法，即可明確肛周膿腫。