肛周膿腫往往合併有肛瘻，肛瘻有內口，傳統膿腫切開引流即可痊癒，但是對於肛周膿腫而言，由於有肛門內口，存在產生膿腫的原因，所以必須將內口妥善處理，使內口不再有細菌進入才能徹底治癒。

傳統做法是先把肛周膿腫切開引流，待肛瘻瘻管非常明顯時，給予第二次手術，徹底處理瘻管和內口處理。現在一般採用一次性根治，即對於肛周膿腫、肛瘻、內口一次性處理，處理以後效果非常理想。