肛門囊腫的這種說法不是十分規範，一般將其稱為肛門膿腫或者肛周膿腫。肛周膿腫以肛竇炎開始，肛竇發育時長的比較深，每個人的肛管裡都有肛竇，肛竇向上生長，大便向下，如果肛竇比較深，肛竇內會存有一部分糞便。一般情況下糞便可以排出，如果肛竇比較深，糞便無法及時排出，此時細菌滋生會引起肛竇炎。如果這時還沒有及時處理，會進一步加重，會形成肛周膿腫。

當然肛周膿腫也有其他原因，比如外傷，外傷也可以引起感染，因此要根據膿腫位置和不同的原因，選擇不同的治療方法。