絕大部分肛周膿腫都可以治癒。急性期肛周膿腫經過充分引流換藥以後，新鮮組織會充填到整個膿腔，局部修復後可以完全治癒膿腫。慢性膿腫即形成肛瘻以後，可以切開、局部掛線，或用其它保守治療的方法，都可以將肛周膿腫治癒。

對於肛周膿腫合併結核、潰瘍性結腸炎、克隆氏病等疾病，一定要積極治療原發病。高血糖患者容易併發肛周膿腫，如果血糖控制不利，肛周膿腫也不容易得到控制，一定要積極治療原發病症，控制後絕大部分肛周膿腫都可以治癒。