對於肛周膿腫，每個醫院的住院天數可能都不盡相同。對於比較小，比較淺的肛周膿腫，做完手術以後2-3天或3-4天可以出院回家休養，可口服抗生素，局部進行換藥，或者坐浴、泡洗等。但是對於膿腫較大較深，而且位置較高，涉及肌間隙的範圍較廣的患者，相對住院時間較長，可能有時需要住院幾十天，甚至幾個月。一般，臨床會綜合考慮以上因素，對於營養不佳，或合併有其它疾病，比如糖尿病、結核，或服用免疫抑制劑的患者，會相應延長住院時間。需要向家屬和患者做統一交代，讓家屬有思想準備，因為此類病人本身住院時間較長。