肛門有肉球很痛，出現這種情況時一定要進行鑑別診斷，常見原因有以下幾種：

1、血栓性外痔，血栓性外痔會出現肛門有肉球隆起，然後有劇烈的疼痛，目前治療血栓性外痔的辦法，主要是中藥燻洗和外敷藥膏進行治療；如果保守治療方法無效，最後一步還是要進行手術切除來改善疼痛症狀；

2、肛門直腸周圍膿腫，其也會出現肉球疼痛情況，肛門直腸周圍膿腫一旦形成，會出現劇烈疼痛，肛門局部會有紅腫、熱痛、隆起，一旦成膿，要及時切開排膿來改善疼痛症狀；

3、如果肛瘻外口引流不暢、暫時封閉，會有膿血積聚在肛瘻外口，這樣也會導致肛門旁邊的肉球疼痛，這種情況也需要及時進行切開排膿，來改善疼痛症狀。