一般直腸息肉切除根據息肉的大小，首選危險性最大的息肉進行切除。對於很小的息肉，特別是多發性息肉，不一定一次全部切完。常規做結腸息肉以後，要求病人每年複查一次。對於後面又長大的息肉，要進行再次切除，如果小的息肉在一年之間變化不大，也可以繼續觀察，不需要切除。

對於結腸息肉，往往發生在便秘的基礎上，或者結腸有炎症的基礎上。結腸長期受到炎症刺激以及大便刺激會出現增生性改變，甚至出現變化。對於這部分病人，除了切除結腸息肉除，同時還要治療結腸慢性炎症，改善病人的便秘。發生息肉的機會可以大大降低，從根本上對結腸息肉進行治療。