生化檢查只能反映肝功能是否正常，而不能判斷是否有脂肪肝。脂肪肝的診斷，通常簡單的是依靠肝臟的超聲檢查，也可以行肝臟CT檢查，還可以做肝臟瞬時彈性成像測CAP指標，從而判斷是否有脂肪肝，而生化指標只反映出肝功能是否正常。

一般在體檢時，輕度脂肪肝的生化指標可以屬於正常水平，而肝臟彩超和CT檢查可表現出脂肪肝特徵。如果脂肪肝出現肝臟損傷，則表現為轉氨酶升高，甚至表現為膽紅素升高，此情況稱為脂肪性肝炎，比單純性脂肪肝情況較嚴重。如果通過影像學檢查，不能確定是否有脂肪肝，可以做肝臟穿刺檢查，肝組織病理檢查，判斷是否有脂肪肝。脂肪肝檢查中，做肝臟瞬時彈性成像檢查、肝臟CT檢查以及肝組織病理檢查，還可以將脂肪肝分為輕、中、重度。