肛門癌的早期表現是肛門部位有新生物，排便時裡急後重或者有便意但無法排出，有時會形成梗阻。肛門癌檢查比較明顯，因為肛門是消化道出口，從外面可以看到、摸到，所以如果有排便不暢或者肛門部位有腫物脫出，需要及時到醫院就診。

肛門癌需要與痔瘡鑑別診斷，因為痔瘡同樣位於肛門，且鼓在外部，尤其外痔長在肛門口，較明顯脫出一塊痔贅，內痔在排便後會脫出，部分可以還納。還有一部分是混合痔，有可能表現為一團組織在外面。脫出組織到底是否為肛門癌，需要患者到醫院檢查，但肛門癌的發生概率比較低。