腦分水嶺梗死患者發熱的治療方法如下：

1、腦分水嶺梗死後出現的中樞性高熱，此類情況相對比較少見，發作時患者體溫約為38.5°C以上，處理方法主要是物理降溫，如酒精抹腋、溫水抹腋、冰敷或冰糖降溫，也可以酌情給予非甾體類抗炎藥物治療，比如布洛芬、對乙酰氨基、曲芬片等；

2、腦分水嶺梗死患者常合併有肺部感染、尿路感染等，發熱也是感染的徵象，此時需要進一步檢查，明確感染的原因，比如血常規檢查、尿常規檢查以及痰培養等相關的檢查，明確感染的原因後，對因治療。