甲狀腺乳頭狀癌最常見的轉移部位是頸部，局部的淋巴結轉移最為多見，很少會出現遠隔轉移。頸部淋巴結分為7個區，甲狀腺乳頭狀癌轉移分為中央區和側頸區淋巴結轉移。中央區主要是六區和七區，六區在氣管旁，七區在上縱隔，轉移在六區更常見。側頸方主要是二區、三區、四區，為上頸、中頸和下頸。

不一定最常見的轉移就是六區，有文獻報道，1cm以下較小的微甲狀腺上級的甲狀腺乳頭狀癌患者，可能最先轉移部位在三區即中頸部的側頸方位置。乳頭狀癌的患者要做詳細的頸部B超檢查，定位淋巴結是否有問題，有問題則需同時做淋巴結清掃，以達到根治的效果。極少部分比較晚期的甲狀腺乳頭狀癌患者可能會轉移到遠隔，常見部位為骨、肺和腦。