甲狀腺微波消融手術的總體危險性不大，如果醫生在術中操作不當，或消毒不徹底、手法不當，探頭跟針不匹配，或穿刺針誤穿到氣管或皮膚其它部位，會造成氣管損傷、皮膚燙傷、神經損傷等。如果是有經驗的醫生進行操作，手術風險則相對較小。

微波消融需要手術醫生具有豐富經驗，並且在治療過程中有一定的技巧要求。操作者不僅需要熟悉外科手段，還必須熟知病理細胞學和超聲介入方面的專業知識，是多學科、跨學科的治療方案。該手術需要大量數據積累，經過反覆穿刺、演練、操作，達到非常有經驗的水平，做消融手術才比較安全。