甲狀腺結節消融治療幾乎不存在副作用。甲狀腺消融技術是純粹的熱量治療方式，通過高溫殺滅、燒燬腫瘤細胞。

在操作過程中，依靠熱量進行治療，相對於其它方式或化學藥品殺滅腫瘤，這種治療方法的毒副作用非常小。甲狀腺消融技術通過微波產生80℃-90℃高溫，燒燬腫瘤細胞，即蛋白質，達到非常好的治療效果，治療後發生遺症或併發症的幾率非常小。

在治療過程中，基本可以達到簡便、微創，而且操作較為安全。治療後觀察1小時就能出院，操作風險也較小。