先天性甲低患兒一旦確診，就必須立即治療。臨床一般是口服左旋甲狀腺素片，儘量讓患兒的甲狀腺功能在生後2周內達到正常。在隨訪過程當中，甲狀腺素治療需要個體化，甲狀腺治療的劑量也應隨靜脈血的甲狀腺功能進行調整，使甲狀腺的遊離甲狀腺素維持在正常平均水平的上限，促甲狀腺素水平維持在正常範圍之內。先天性甲低患兒在治療過程當中，應定期監測甲狀腺功能，初始治療2周以後必須複查。患兒在調整服用劑量時，應在1個月以後複查甲狀腺功能。

先天性甲狀腺功能低下的患兒一般治療2-3年。1歲以內每3個月複查一次甲狀腺功能，1歲以上3-4個月複查一次甲狀腺腺功能，3歲以上6個月複查一次甲狀腺功能，並同時進行體格發育評估，在1歲、3歲、6歲時，進行智力發育評估。但是如果在治療過程當中進行了劑量的調整，必須在1個月以後，定期監測甲狀腺功能。