脂肪肝通常不會引起甲胎蛋白增高。脂肪肝是由於能量過剩所致，如糖類、脂肪類超過人體需求會沉積在肝臟，從而形成脂肪肝，包括單純性脂肪肝和脂肪性肝炎。存在肝細胞壞死、酶學改變時稱為脂肪性肝炎，還可能發展成脂肪性肝纖維化，甚至肝硬化，但與腫瘤沒有關係。

通常甲胎蛋白不高，因為甲胎蛋白是胎兒肝臟所合成的物質。如果出現腫瘤，如生殖系統腫瘤或肝癌，患者可以再次出現甲胎蛋白。為腫瘤標誌物，甲胎蛋白輕微增高並沒有特別的臨床意義，正常值為0-7μg/L。稍有增高時，需要定期隨訪；如果短期內呈劇烈、明顯地上升趨勢或是數值已經較高，需要進行肝臟核磁共振等影像學檢查。如果肝臟確實沒有腫瘤，建議檢查生殖系統，確認是否存在相關病變。