胃部小間質瘤通常無明顯症狀，可以觀察，但是隨著胃間質瘤逐漸增大，惡性風險也會逐漸增加，從而可能出現以下症狀：

1、進食後飽脹、腹部不適、腹痛等；

2、引起消化道出血，如胃間質瘤在消化道內破裂出血，可能會出現嘔血、黑便等症狀；

3、胃間質瘤在胃外破裂，可引起腹腔出血、急腹症，需急診處理；

4、胃間質瘤繼續發展，可引起其它部位轉移，如肝轉移、腹腔轉移，從而危及生命。