因為胃間質瘤惡性程度有等級，能否治癒無法一概而論。首先胃間質瘤可分為原發可切除與復發轉移間質瘤，其中復發轉移間質瘤為惡性間質瘤，基本不能治癒，但可以通過藥物治療，增加患者生存期或緩解症狀。

對於原發可切除的胃間質瘤而言，在切除後，還要根據術後復發風險的評估系統，分為極低危、低危、中等與高危。對於不同等級原發可切除胃間質瘤而言，術後情況不同，具體如下：

1、對於極低危與低危患者而言，相當於治癒，術後預後較好，大部分患者無需再進行治療；

2、對於中危或高危患者，因復發風險較高，所以還要配合一些藥物治療，如伊馬替尼、格列衛，儘量延緩復發，預後更佳。