胃間質瘤通常不會導致後背痛，因小胃間質瘤不會存在明顯症狀，即使後續胃間質瘤長大，也僅會引起一些腹部包塊、腹部脹痛等症狀。胃間質瘤不同於胃癌與胰腺癌，因胃癌在進展期或晚期時候，可能會因腹主動脈旁淋巴結轉移，壓迫腹主動脈旁周圍神經，引起腰背痛，而胰腺癌在進展之後，腫瘤侵犯到腹主動脈旁神經，也可能會引起後背痛，但胃間質瘤不會。胃間質瘤通常是局部生長，不會引起淋巴結轉移，更不會引起腹主動脈旁周圍淋巴結轉移，所以不會存在後背痛症狀。

如果胃間質瘤患者出現腰背部疼痛，也要進行進一步檢查，排除其它疾病或合併其它疾病可能，以免誤診。