胃間質瘤的診斷方法與其它腫瘤類似，患者需要做胃鏡檢查以及CT、核磁共振、B超等影像學檢查。此外，還需要進行血液指標的檢測。

胃間質瘤屬於實體腫瘤，一般來源於肌層胃間質，與上皮組織來源的腫瘤不同，因此在影像學表現、臨床症狀方面需要專業性的診斷，主要是依賴於病理學診斷，經過免疫組織化學檢測才可確診。