胃神經纖維瘤內鏡下手術治療後併發症較少見，微創手術的患者可出現較少併發症，而開放手術的患者併發症相對較多，臨床常見術後併發症為吻合口炎症、出血等，可伴有噁心、嘔吐、消化不良等臨床症狀。患者口服對症藥物後，症狀可緩解。

若腫瘤邊緣未切乾淨，需進行二次手術，需要局部切除。若術後病理發現腫瘤發生惡變，二次手術則需進行整體切除。