任何腫瘤如果早期得到及時有效的治療，均可獲得治癒，胃底賁門腫瘤也不例外，但關鍵要看腫瘤發現的早晚。對於原位癌或侵犯黏膜層、黏膜下層的胃底賁門腫瘤，通過早期切除，多數可達到治癒的目的。如果發現時腫瘤處於晚期，治癒率相對較低。

因此胃底賁門腫瘤能否治癒，取決於發現早晚、能否採取積極合理的治療。部分患者發現較早，但不願意手術，採取中藥等其他治療方法，預後可能較差。因此要提高治癒率，早期發現並採取合理恰當的治療至關重要。